Objetivou-se, neste estudo,analisar o efeito da regulação sobre a eficiência dos sistemas agroindustriais de produção de biodiesel, tendo em vista os custos de transação presentes nos arranjos induzidos e espontâneos. O aporte teórico utilizado para embasar este estudo foi a Nova Economia Institucional e a Economia dos Custos de Transação, em que a escolha entre arranjos institucionais necessita levar em consideração os custos envolvidos em operar cada possibilidade. Como método de pesquisa, utilizou-se o estudo de casos múltiplos em Goiás, Bahia e São Paulo, nos quais foram estudados os arranjos institucionais da soja, da mamona, do girassol e do pinhão manso. A partir da análise dos custos de transação presentes em cada arranjo, constatou-se que a compra de soja, via mercado, seria a escolha espontânea caso o agente regulador não deslocasse a escolha dos agentes para arranjos considerados subeficientes como a compra de oleaginosas via contrato. Como os agentes são levados a transacionar em arranjos de maior custo, identificou-se a criação de mecanismos para a redução desses custos como a triangulação de matérias-primas e “contratos de balcão” com agricultores. Conclui-se que a regulação insere custos de transação nos SAG e, com isso, altera a eficiência do sistema e compromete o alcance dos objetivos da política pública.