Si la maîtrise de la qualité organoleptique et de la fraîcheur reste la cause principale de l'insatisfaction du consommateur, les distributeurs anticipent d'ores et déjà les effets que pourrait avoir une crise de confiance des consommateurs vis-à-vis de la qualité sanitaire des fruits et légumes frais. Des démarches de filière pour la mise en place de bonnes pratiques agricoles (BPA) et des dispositifs de contrôle des résidus de pesticides émergent. Dans le cas britannique, le rôle des distributeurs qui assument la totalité du risque sanitaire (pénal et commercial) est central. Dans le cas français, le risque sanitaire est partagé entre le premier metteur en marché (risque pénal) et le distributeur (risque commercial). Des dispositifs plus complexes sont à l'oeuvre. C'est le cas notamment des conventions collectives de contrôle négociées entre importateurs et pouvoirs publics.